Fekāliju pH parasti ir neitrāls vai nedaudz sārmains (6.8 - 7.5.). Skābāka izkārnījumi, kas ir tikai fizioloģiski tikai jaundzimušajiem, var liecināt par zarnu infekcijām (Escherichia coli, Rotavirus) vai gremošanas traucējumiem, piemēram, laktozes vai tauku nepanesību (steareja no aizkuņģa dziedzera mazspējas vai žults stāzes).
Ja izkārnījumu dezbiozes klātbūtnē izkārnījumu pH ir tendence palielināties, tam ir tendence samazināties fermentatīvās disbiozes gadījumā, kura cēloņi ir atrodami pārmērīgā ogļhidrātu uzņemšanā vai slikta tās pašas absorbcija (celiakijas slimība). . Pat ar bagātīgu lipīdu uzņemšanu, veģetāro uzturu un ilgstošu badošanos, fekāliju pH kļūst skāba.
Lai izvairītos no pārbaudes rezultātu izkropļošanas, izkārnījumi nedrīkst būt inficēti ar urīnu, un tie ir ātri jāatdzesē, lai novērstu amonjaka urīna un baktēriju urīna veidošanos sārma pH.