Oficiālajā farmakopejā ir vispārīgas ķīmiskās un bioloģiskās novērtēšanas metodes. Tomēr farmakognozija izmanto arī daudz sarežģītākas metodes, piemēram, spektroskopijas un hromatogrāfijas metodes.
Narkotiku kvalitātes novērtēšana no ķīmiskā viedokļa sniedz nozīmīgu padziļinātu analīzi, kas raksturīga izmantoto instrumentu analītiskajai spējai; citiem vārdiem sakot, narkotiku novērtē, pamatojoties uz tajā esošo aktīvo vielu daudzumu un kvalitāti, kas ir analītiski precīzi noteicošie, pateicoties ļoti precīziem hromatogrāfijas instrumentiem. No šīm hromatogrāfijas metodēm mēs atrodam: gāzu hromatogrāfiju, masas gāzi, HPLC (šķidruma hromatogrāfija kolonnā), jonu apmaiņas hromatogrāfiju un plātņu hromatogrāfiju (TLC, HPTLC). Tās ir visas metodes, kas izmanto hromatogrāfijas principu, lai kvalitatīvi un kvantitatīvi novērtētu ķīmisko vielu klātbūtni fitokompleksā. Tāpēc šie instrumenti ļauj novērtēt narkotiku kā fitokomplexu, atsevišķu ķīmisko vielu daudzumu un kvalitāti, to attiecību un raksturīgā aktīvā principa daudzumu.
Lai novērtētu fitokomplexu, ir svarīgi pieņemt vispiemērotākās stratēģijas tās iegūšanai, jo nav analītiskas metodes, kas nav bijusi pirms ekstrakcijas. Ekstrakcijas ir nepieciešamas, lai tehniskā un farmakognostācija varētu novērtēt zāles vai, iespējams, iegūt šīs narkotikas lietošanas elementus, kurus var tieši ievietot terciārajā sektorā. Ekstrakcijas metodes ļauj iegūt tās aktīvo vielu kategorijas, kuras uzskata par svarīgām zāļu kvalitatīvajā klasifikācijā, vai arī selektīvi izdalīt vienu vai vairākas kategorijas, kas tiek uzskatītas par tās darbības izpausmēm.
Aktīvie elementi parasti ir glikozīdu, alkaloīdu, terpēnu, antrakinonu molekulas; visi sekundārie metabolīti, kas izpaužas organisma relāciju bioloģijā; tomēr ir arī molekulas, kas izriet no primārā metabolisma, kas izraisa interesi par veselību, piemēram, ogļhidrāti (ciete un tās atvasinājumi, celuloze un tās atvasinājumi), proteīni un jo īpaši proteolītiskie fermenti (papaiīns vai bromelīns).
Pirms aktīvo vielu ekstrakcijas no narkotikām ir jāapsver pēdējo ķīmiskās-fizikālās īpašības; citiem vārdiem sakot, pirms aktīvās sastāvdaļas ekstrakcijas ir nepieciešams labi zināt tās ķīmisko raksturu polaritātes ziņā, jo ekstrakcijas process būtībā ir samazināts līdz atbilstoša šķīdinātāja saistībai ar zālēm. Šis šķīdinātājs, kas ir ķīmiski līdzīgs ekstrahējamajam principam, selektīvi noņem to no atlikušā fitokompleksa; jo vairāk šī ķīmiskā afinitāte tiek akcentēta, jo labāka būs ekstrakcija ("līdzīgi izšķīst līdzīgi"). Tādēļ ir svarīgi zināt, no kura fitokemijas viedokļa ir jāizmanto ekstrakcijas princips, lai šķīdinātāju vai šķīdinātāja maisījumu saistītu ar to.
