Kafijas sēklas rūpnieciskās pārstrādes laikā var izmantot arī bezkofeīna kafijas ražošanai. Šis process, ko sauc par bezkofeīnu, notiek, kad sēklas joprojām ir zaļas, nevis pēc cepšanas. Kofeīna noņemšanai no kafijas var izmantot daudzas metodes, bet visi ietver zaļo sēklu iegremdēšanu karstā ūdenī (process, kas pazīstams kā Šveices ūdens process) vai tvaiks; šajā brīdī pievieno šķīdinātājus, kas izšķīdina un atdala eļļas, kas satur kofeīnu no sēklām. Kofeīnu bieži izmanto kafijas pārstrādātāji, kas kā papildu ienākumu avots pārdod kofeīnu farmācijas uzņēmumiem.
