Lai gan šodien tas var šķist acīmredzams, ir skaidrs, ka tūkstošiem cilvēku cilvēks ir ignorējis faktu, ka mikroskopiskie organismi izraisījušas noteiktas slimības.
Līdz 1600. gadam tika uzskatīts, ka tā ir spontānās paaudzes teorija, saskaņā ar kuru daži organismi spontāni var tikt radīti no dzīvām vielām. Klasiskais piemērs ir kāpuri, kas, domājams, var tikt iegūti no nekas nesadalītās gaļas gabalā.
Pirmais, kas šo teoriju atzina par nederīgu, bija Frančesko Redi, personīgais ārsts Toskānas Lielhercogam. Redi ievietoja divus svaigas gaļas gabalus divās atsevišķās tvertnēs, atstājot pirmo atveri un aizsargājot otru no tīkliem ar tīkleni. Pēc dažām dienām viņš pamanīja, ka tikai atklāts konteiners bija pārmeklēts ar kāpuriem. Tāpēc Redi parādīja, ka kāpuri netiek radīti no nekas, bet kas rodas no mušas, ko rada mušas.
Mikroorganismu eksistence sāka runāt tikai astoņpadsmitajā gadsimtā, pateicoties Modenese Lazzaro Spallanzani pētījumiem, kas vispirms medicīnas literatūrā radīja un ieviesa terminu "dīglis". Tomēr baktēriju atklāšana ir attiecināma uz Antony Leeuwenhoek (1632-1723), tekstila tirgotāju, kam ir aizraušanās ar mikroskopiem.
Leeuwenhoek novēroja, kā pēc zobu tīrīšanas zobakmens atradnēs bija "dzīvās būtnes". Šis atklājums bija iespējams, optimizējot optisko mikroskopu, ko pats Leeuwenhoek bija uzbūvējis un kas vēlāk uzlabojās.
Tomēr mūsdienu mikroskopa parādīšanās atklāja jaunus jautājumus par spontānās paaudzes teoriju. No pirmajiem novērojumiem, šķiet, šķiet, ka organiskās vielas vienkārša iedarbība uz gaisu īsā laikā izraisīja baktēriju veidošanos uz tās virsmas.
Francijas biologs Louis Pasteur iejaucās, lai noliegtu hipotēzi par spontānu mikrobioloģisko paaudzi. Pasteur vāra dažus buljonus stikla kolbā ar ilgu kaklu, kas aprīkota ar īpašu S veida knābi, lai novērstu putekļu (un baktēriju) iekļūšanu. Pasteurs novēroja, ka, pateicoties šīm ierīcēm, buljonā netika radītas baktērijas, un tāpēc baktērijas netiek radītas spontāni.
