Kuņģa satura spēcīgais skābums padara kuņģi par īpaši naidīgu vidi vīrusiem un baktērijām. Tikai viena suga, Helicobacter pylori, spēj stabili izdzīvot un kolonizēt cilvēka kuņģa gļotādu. Attiecībā uz pārējo lielāko daļu uzņemto mikroorganismu ātri iznīcina dažu minūšu laikā.
Vairāki in vitro pētījumi liecina, ka plašai un efektīvai baktericīdai iedarbībai pH jābūt īpaši zemam. Konkrēti, pH, kas ir vienāds ar vai mazāks par 2, 0, parasti nogalina visas baktērijas; tomēr līdzīgs skābums kuņģī ir sastopams tikai tukšā dūšā, bet pēc ēšanas ēdiens (galvenais transportlīdzeklis, ar kuru baktērijas iekļūst kuņģī) uz laiku paaugstina pH vērtību 4-5.
Jāņem vērā arī laika faktors, jo jo zemāks pH un jo mazāk laika ir nepieciešams, lai iegūtu pilnīgu baktericīdu iedarbību, un otrādi. Tomēr pH, kas pārsniedz 3, 5, baktericīdā iedarbība ir ļoti zema, bet pH, kas pārsniedz 4, baktericīdai iedarbībai ir nulle.
Nesenie zinātniskie pierādījumi liecina, ka baktericīdā aktivitāte ir noteikta papildus pepsīnam (proteolītiskajam fermentam, kas iesaistīts proteīnu gremošanas procesā) papildus kuņģa skābumam. Atsevišķu antibiotiku iedarbību ietekmē arī daži kuņģa sulā esošie fermenti, piemēram, defensīni un laktoferīns.
Mikrobu priekšpusē dažādu mikroorganismu izdzīvošanu pret kuņģa sulu baktericīdo aktivitāti var veicināt saikne ar dažām pārtikas sastāvdaļām; piemēram, ir pierādīts, ka salmonellas virulence ir nepārprotami pārāka, ja to ievada barības kanālā ar piesārņotu olbaltumvielu pārtiku (piemēram, olām vai gaļu).
Skaidrs, ka pat antacīdu līdzekļu vai protonu sūkņa inhibitoru lietošana, samazinot kuņģa pH, veicina baktēriju izdzīvošanu kuņģī. Turklāt, palielinoties baktēriju slodzei (uzņemto baktēriju skaitam), palielināsies arī dažu mikroorganismu izdzīvošanas varbūtība.
Jāņem vērā arī toksīnu un sporu problēma. Toksīni ir vielas, ko ražo baktērijas vai to sastāvdaļas, kas var radīt kaitējumu (saindēšanos ar pārtiku) pat tad, ja baktēriju nogalina ar kuņģa skābumu. Sporas ir tukšas formas, kurās dažas baktērijas atkāpjas, kad apkārtējās vides apstākļi ir nelabvēlīgi, tikai tad, kad apstākļi to atļauj; Clostridium difficile sporas, piemēram, pārsniedz kuņģa skābumu neskartos un pēc tam diedzē kuņģī.
Salīdzinot ar baktērijām, vīrusiem parasti ir lielāka iespēja izdzīvot kuņģa skābajā vidē. Nav pārsteidzoši, ka vīrusi, kas pieder pie Norovirus (Norwalk vīruss), Rotavīrusa, Astrovīrusa un Adenovīrusa ģints, bieži ir iesaistīti infekciozas caurejas formu parādīšanā (vīrusu gastroenterīts).
