Precīza Marburgas vīrusa izcelsme vēl nav zināma. Pašlaik tiek uzskatīts, ka slimība, par kuru tā ir atbildīga, var būt zoonoze, ko uztur viens vai vairāki Āfrikas kontinenta vietējie dzīvnieki. Tomēr līdz šim veiktie pētījumi nav ļāvuši identificēt slimības dabisko rezervuāru, lai gan ir analizēti daudzi mugurkaulnieki un posmkāji.
Saskaņā ar Pasaules Veselības organizācijas teikto, cilvēki nav daļa no vīrusa dabiskā cikla, tāpēc infekcija būtībā būtu no nejauša kontakta ar citu inficētu primātu. Faktiski pārraide, izmantojot dažas pērtiķu sugas, ir dokumentēta, iespējams, darbojoties kā "Marburgu vīrusa pastiprinātāji". Turklāt daži pierādījumi liecina, ka primāti var būt inficēti ar sikspārņiem .
