Papildus individuāliem aizsardzības pasākumiem un nesēju vides kontrolei, vakcinācija var novērst japāņu encefalītu .
Ixiaro vakcīna, ko jau ir apstiprinājusi FDA (Pārtikas un zāļu pārvalde) ASV un ko apstiprinājusi EMEA (Eiropas Zāļu aģentūra), deva muskulī ievada divās devās, otrā - no otras. kas ir inokulēta 4 nedēļas pēc pirmās. Labai aktīvai imunizācijai vakcinācijas kurss jāpabeidz vismaz vienu nedēļu pirms iespējamās saskares ar Japānas encefalīta vīrusu.
Japānas encefalīta vakcīna ir ieteicama ceļotājiem, kas ilgu laiku uzturas ārā endēmiskos apgabalos, sezonas laikā, kad infekcijas pārnešana ir visticamāk; tomēr tas nav indicēts personām, kas jaunākas par 18 gadiem, grūtniecības laikā un zīdīšanas laikā.
