Čilli un tā raksturīgās aktīvās sastāvdaļas - kapsaicīna - aizsardzība pret gastrītu un peptisko čūlu ir pierādīta vairākos pētījumos, kas liecina, ka šobrīd tiek pētīta kapsaicīna saistība ar aspirīnu un citiem. NPL, lai mazinātu šo zāļu kaitīgo ietekmi uz kuņģa gļotādu.
Daži pētījumi liecina, ka kapsaicīnam ir arī pretmikrobu aktivitāte pret baktēriju Helicobacter pylori, kas ir galvenais čūlas un hroniska gastrīta cēlonis cilvēkiem. Šī aktivitāte tika pierādīta arī ar Helicobacter pylori celmiem, kas ir rezistenti pret metronidazolu, un tas atbilst dažu epidemioloģisko pētījumu rezultātiem; statistika rāda, ka dažās populācijās, kurās tiek plaši izmantoti karsti pipari, kuņģa čūlu sastopamība ir zemāka.
Pamatojoties uz in vitro pētījumos pārbaudītajām koncentrācijām, lai iegūtu antibiotiku iedarbību pret Helicobacter pylori, karstu piparu uzņemšanai jābūt konsekventai (no 3 līdz 9 neapstrādātiem pipariem dienā atkarībā no to kapsaicīna satura); tomēr jāprecizē, ka papildus kapsaicīnam citas vielas, kas atrodas čili piparos (fitokomplekss), var radīt sinerģisku aktivitāti, samazinot minimālo efektīvo devu. Turklāt sinerģija ar kuņģa iedzimtajām aizsardzības iespējām varētu vēl vairāk samazināt čilli devu, kas ir pietiekama Helicobacter pylori izvadīšanai no kuņģa vides.
Nesenā pārskatā par čilli patēriņu un kuņģa vēzi (attiecībā uz kuriem ir pretrunīgi pētījumi) ieteikts samazināt kapsaicīna uzņemšanu, lai pilnībā izmantotu tās potenciālos ieguvumus bez riska. Tomēr aicinājums, kas ir derīgs īpaši tām populācijām (piemēram, Meksikas valstij), kur parastais čili piparu patēriņš un kapsaicīna koncentrācija patērētajās šķirnēs ir acīmredzami augstāks nekā Itālijas ieradumi.
