Patoģenēze izmeklē slimības un ar to saistīto notikumu ķēžu attīstību, kas soli pa solim nosaka skarto orgānu šūnu un audu morfofunkcionālās izmaiņas. Šīs izmaiņas var izraisīt ķīmiski, fiziski vai bioloģiski aģenti (vīrusi, baktērijas utt.).
Kaut arī etioloģija nosaka cēloņus, patoģenēze pēta tās sekas.
Lasot medicīniskos tekstus, mēs varam saskarties ar tiem tādiem terminiem kā: mikrobioloģiskā patogeneze, iekaisuma patoģenēze, vīrusu patogēnija, ļaundabīga patoģenēze (slimības tendence, parasti audzējs, kas pakāpeniski pasliktinās, lai kļūtu par nāvējošu). Daudzas slimības atpazīst dažādus cēloņsakarības faktorus (daudzfaktoru etioloģija), un vēl daudz vairāk ir raksturīgi ar dažādiem evolūcijas mehānismiem (daudzkārtīga patogenēzija).
